Basicamente, o primeiro cuidado é o percentual máximo de comissão de agente que se pode pagar.  Para os capítulos de 01 a 24, o percentual máximo é 10%. Para os capítulos 25 a 83, o percentual máximo é de 15% e para os capítulos 84 a 97, o percentual máximo é de 20% do valor vendido.
A empresa define que percentual quer trabalhar com o seu agente, desde que esteja dentro desses máximos permitidos e deve ser calculado sobre o valor da mercadoria no local do embarque para o exterior. O valor pode ser pago a mais de um agente, se for o caso, desde que não ultrapasse o percentual total.
O segundo ponto é que o percentual deve ser registrado quando for feita a DUE, declaração de exportação, pois somente dessa forma você poderá ir ao seu banco e solicitar o envio da comissão de agente ao exterior com isenção dos impostos.
Você deverá também considerar na sua formação de preço o custo para envio da comissão de agente que o banco cobrará. 
A legislação também estabelece que existem duas formas de pagamento: um que é chamado de conta gráfica – quando ao receber o pagamento do exterior, você faz o fechamento do câmbio de exportação pelo valor menos a comissão. Assim, a comissão é enviada para o exterior. A outra forma é o “a remeter”, ou seja, você recebe o valor total da exportação e depois, em um segundo momento, pega o dinheiro e faz a operação de envio do valor da comissão. O “ a remeter” é interessante quando você tem várias operações com o mesmo agente, então pode somar o valor que ele tem a receber de tudo e enviar de uma só vez, diminuindo os gastos bancários.  
Um ponto importante é que, para a isenção do imposto de renda nesse envio de pagamento ao exterior, deverá ser preenchido o campo da DUE correspondente, conforme comentado anteriormente, o que nos leva  a definição de que a comissão somente poderá ser paga depois do embarque, mesmo que o pagamento da exportação tenha sido 100% antecipado ao embarque.

Para referência:
Art. 217. A comissão de agente, calculada sobre o valor da mercadoria no local de embarque para o exterior, corresponde à remuneração dos serviços prestados por um ou mais intermediários na realização de uma transação comercial.
Parágrafo único. Para fins de habilitação à redução a zero do imposto de renda incidente sobre valores pagos, creditados, entregues, empregados ou remetidos a residentes ou domiciliados no exterior, relativos a despesas com comissão paga a agente no exterior, de que trata o inciso III do art. 1º do Decreto nº 6.761, de 5 de fevereiro de 2009, deverá ser preenchido o campo de itens de DUE correspondente. (Redação dada pela Portaria SECEX nº 44, de 2020)